Uz prethodnu najavu i poziv iz Agencije, upis u ARKOD obavlja se u regionalnim uredima Agencije za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju, u kojima su poljoprivrednici upisani u Upisnik poljoprivrednih gospodarstava. Tijekom upisa poljoprivrednici su se uz pomoć djelatnika Agencije, na digitalnim ortofoto kartama (unaprijed napravljenim snimkama zemlje iz zraka) identificirali sve parcele koje obrađuju. Važno je istaknuti kako se u ARKOD upisuju parcele koje se obrađuju, a ne samo one koje se posjeduju, što znači da poljoprivrednici prijavljuju i parcele koje su dobili u zakup ili na korištenje. Poljoprivrednici su dužni prilikom upisa u ARKOD sustav sa sobom ponijeti dokumente koji dokazuju njihovo pravo na korištenje nad određenim komadom zemljišta.