Ministarstvo poljoprivrede, ribarstva i ruralnog razvoja osnovalo je Agenciju za plaćanja u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju kao javnu ustanovu radi operativne provedbe mjera tržišne i strukturne potpore u poljoprivredi, ribarstvu i ruralnom razvoju. Agencija je zadužena za provedbu mjera Zajedničke poljoprivredne politike EU te isplaćivanje potpora. Zahtjeve za izravna plaćanja poljoprivrednici podnose svake godine do 15. svibnja. Ulaskom u EU uvedeno je jedinstveno plaćanje po gospodarstvu. Važno je naglasiti da sve nove članice EU primjenjuju pojednostavljen način plaćanja za potpore koje uključuju kombinaciju sredstava iz nacionalnih proračuna te sredstava iz fondova EU.